三方协议可以代替劳动合同吗？

不可以。
三方协议是普通高校毕业生和用人单位正式确立劳动关系前，明确毕业生、用人单位、学校三方在毕业生就业中的权利义务的书面表现形式，主要解决应届毕业生走上社会就业的户籍、档案等一系列相关问题，属于民事法律关系的范畴。
而劳动合同是劳动者与用人单位双方确立劳动关系、明确双方权利义务的协议，属于劳动法律关系的范畴。
因此，三方协议与劳动合同不可互相替代，三方协议的效力一般在用人单位正式接收毕业生后自行终止，毕业生与用人单位应及时签订劳动合同。
法条链接
《中华人民共和国民法典》
第四百六十四条 【合同的定义和身份关系协议的法律适用】合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。
婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用有关该身份关系的法律规定；没有规定的，可以根据其性质参照适用本编规定。
第四百六十五条 【依法成立的合同效力】依法成立的合同，受法律保护。
依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。
《中华人民共和国劳动合同法》
第十条 【订立书面劳动合同】建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。
用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。
节选自：最高人民法院司法案例研究院（ID：sfalyjy）